Этот метод основан на введении в организм с пищей или водой изучаемых элементов (например, N14, C12, Р31) в определенной пропорции с их радиоактивными или стабильными изотопами.

По сравнению с балансовым методом применение меченых атомов позволяет определить не только количество задержанных в организме питательных веществ корма, но и как они использованы отдельными органами, тканями, железами, т.е. выяснить «интимные» стороны углеводного, жирового, белкового и минерального обмена у животных.